Навукова-даследчая дзейнасць запаведніка заключаецца ў правядзенні стацыянарных круглагодных даследаванняў, накіраваных на вывучэнне прыродных комплексаў і дынамікі прыродных працэсаў для ацэнкі і прагнозу стану экасістэм, аб'ектаў жывёльнага і расліннага свету, распрацоўкі навуковых асноў аховы прыроды і захавання біялагічнай разнастайнасці.
Асаблівая ўвага надаецца сачэнні за станам колькасці рэдкіх у Еўропе і Беларусі відаў жывёл і раслін, распрацоўваюцца меры па іх ахове.
На станцыі фонавага маніторынгу штодня вядуцца даследаванні па ацэнцы ўплыву, якія паступаюць на тэрыторыю запаведніка розных відаў забруджвальных рэчываў. Уся інфармацыя, якая атрымліваецца па праграмах экалагічнага маніторынгу Бярэзінскага запаведніка, шырока выкарыстоўваецца як у Беларусі, так і ў шэрагу еўрапейскіх навуковых цэнтраў, паступае ў сістэму ЕўраМАБ.
