Галоўнай гістарычнай славутасцю запаведніка з'яўляецца Бярэзінская водная сістэма, пабудаваная ў 1797 - 1805 гг. на месцы старажытнага гандлёвага шляху "з варагаў у грэкі". Збудаванне сістэмы дазволіла ўсталяваць скразное воднае паведамленне паміж рэкамі басейнаў Чорнага і Балтыйскага мораў. Аднак падобныя спробы злучэння рэк прадпрымаліся у яшчэ больш ранні час.
Але ідэя стварэння скразнога воднага шляху была рэалізавана толькі ў часы праўлення імператара Паўла I. Указам ад 25 лютага 1797 ён даручыў сапраўднаму таемнаму дарадцы графу Сiверсу, дырэктару водных камунікацый краю, «наладзіць воднае паведамленне паміж Заходняй Дзвіной і Дняпром з дапамогай Бярэзіны». На вытворчасць ўсіх работ была зацверджана каштарыс у памеры 329 387 рублёў.
Стварэнне Бярэзінскай воднай сістэмы - велізарная па тых часах праца, якая запатрабавала пашырэння і выпрастання берагоў рэк, пракладкі 6 каналаў, ўзвядзення 14 шлюзаў і 6 плацін. Будаўніцтва вялося ў цяжкіх умовах, сярод лясоў, багны і балотаў, з дапамогай прымітыўных прылад працы - рыдлёвак, сякер і тачак. Пачыналася водная сістэма вусцем Сергучскага канала і сканчалася вусцем ракі Улы.
14 шлюзаўсістэмы забяспечвалі стабільныя глыбіні ў каналах, стварэнне запасаў вады для праводкі судоў і сплаву драўніны па каналах. Усе шлюзы былі аднакамерныя, з нахільнымі сценкамі, выкладзенымі часаным каменем, ніжняя іх частка вертыкальная, умацавана драўлянымі палямі. Двухстворкавыя вароты шлюзаў і ражавыя скрыні – драўляныя, засыпаны пяском з глінай і камянямі.
У цяперашні час некалі ажыўленая водная траса цалкам страціла сваё лесосплавное і транспартнае значэнне (сплаў лесу па сістэме спыніўся ў 50-х гадах, па Бярэзіне – у 1975-м). Сёння - гэта валодання баброў, выдраў, качак і тысяч іншых прадстаўнікоў флоры і фауны запаведніка.
У перыяд павышэння ўзроўню паверхневых вод падчас вясновай паводкі ў Бярэзінскім біясферным запаведніку праводзіцца невялікі скід вады пры дапамозе сістэмы шлюзаў Сергучскага канала. Гэта забяспечвае рэгуляванне ўзроўню вады ў азёрах, праход рыбы на нераст, прадухіляе затапленне прылеглых тэрыторый, у асаблівасці. д. Кветча, якая размешчана непасрэдна ў пойме р. Сергуч. Падтрыманне глыбіні вады ў Сергучскiм канале дае магчымасць выкарыстоўваць канал як аб'ект рэкрэацыі, для сплаву на байдарках.